大山隠岐国立公園内にある船上山は、大山連峰の一支峰で大山、矢筈ヶ山、甲ヶ山、勝田ヶ山を連ねた山脈の突端に位置しています。標高は615mで、頂上は広く平坦となっていますが、東西及び北の三方は断崖絶壁で、特に東側は屏風岩・千丈滝・千丈のぞきなどがあり、天然の城壁をなしています。また、山岳仏教が華やかな頃は、伯耆三山の一つとして栄えた霊場であったとともに、元弘の乱により隠岐の島へ配流となった後醍醐天皇が隠岐を脱出して船上山にご潜行され、建武中興発祥の地となった歴史の山でもあります。
船上山少年自然の家は、このような素晴らしい環境の中で、少年たちが思う存分自然探求や野外活動をすることにより、豊かな情操を養うとともに、集団生活を通じて学校や家庭では得がたい生活体験から「自律・協力・友情・奉仕」の精神を体得し、心身ともに健やかな少年に育つことを願って設置された施設です。なお、生涯学習時代を迎え青少年の利用は勿論のこと、より幅広い県民各層の方々の親睦・交流の場としてもご利用いただいています。