社殿は全国最大級の壮大な権現造りで、もともとは、僧が修験のために大山に登り、その道場として簡単な遥拝所を設けるようになったのが始まりとされていますが、創建・開創は、出雲風土記、延喜式などに記載はあるものの不明とされています。
神仏習合の中で大山寺と大神山神社奥宮は勢力を拡大し寺院僧坊多教が存在し、寺側の勢いが大きいものの祭事はすべて神職により執り行われてきました。明治初頭の神仏分離令により大智明大権現の社殿を大山寺から分離し現在の大神山神社奥宮に至ります。
これらの歴史を背景として大神山神社奥宮には三つの「日本一」があります。また、西日本最大級の神輿もあります。